东莞市轨道交通的功能定位有“外联”的作用，根据网线规划，R1线的功能定位为东莞至广州和深圳的快速联络线，通过麻涌镇接广州5号线蟹山站，通过黄江镇可接深圳4号线龙华站。R2线南部通过长安后，接深圳机场站，北部在石龙站预留与增城的接口。R3线在谢岗镇预留与惠州城市轨道交通的接口。
根据省铁路建设投资集团有限公司编制的《珠三角轨道交通网广州-东莞-深圳城际铁路可行性研究》，广州-东莞-深圳城际铁路在东莞境内线路走向与东莞市轨道交通R1线麻涌-会展中心站和R2线会展中心站-长安汽车站的线路走廊重合，其在东莞境内不仅承担城际轨道交通功能，还承担东莞市域轨道交通功能。
《东莞轨道交通建设规划》称，轨道交通建成后，东莞将通过城市轨道交通与区域交通枢纽的合理衔接，加强城市主要区域中心、主要城镇与珠三角的快速联系，承担对外交通的集散功能，通过在铁路石龙站、新东莞站、东莞东站这几处区域换乘枢纽与珠三角区域轨道交通衔接，增强与广州、深圳等周边城市的联系，使东莞更好地融入珠三角区域经济发展，连接相邻城市广州、深圳的城市轨道交通线路，满足东莞与两市之间相邻区域的交通需求，承担由于“同城效应”产生的区域客流。
城际轨道交通
东莞市轨道交通的功能定位有“外联”的作用，根据网线规划，R1线的功能定位为东莞至广州和深圳的快速联络线，通过麻涌镇接广州5号线蟹山站，通过黄江镇可接深圳4号线龙华站。R2线南部通过长安后，接深圳机场站，北部在石龙站预留与增城的接口。R3线在谢岗镇预留与惠州城市轨道交通的接口。
根据省铁路建设投资集团有限公司编制的《珠三角轨道交通网广州-东莞-深圳城际铁路可行性研究》，广州-东莞-深圳城际铁路在东莞境内线路走向与东莞市轨道交通R1线麻涌-会展中心站和R2线会展中心站-长安汽车站的线路走廊重合，其在东莞境内不仅承担城际轨道交通功能，还承担东莞市域轨道交通功能。
《东莞轨道交通建设规划》称，轨道交通建成后，东莞将通过城市轨道交通与区域交通枢纽的合理衔接，加强城市主要区域中心、主要城镇与珠三角的快速联系，承担对外交通的集散功能，通过在铁路石龙站、新东莞站、东莞东站这几处区域换乘枢纽与珠三角区域轨道交通衔接，增强与广州、深圳等周边城市的联系，使东莞更好地融入珠三角区域经济发展，连接相邻城市广州、深圳的城市轨道交通线路，满足东莞与两市之间相邻区域的交通需求，承担由于“同城效应”产生的区域客流。